Агентство DEBRA при Национальном банке КР было создано в 1996 году в рамках соглашения FINSAK между Правительством КР и Международной Ассоциацией развития, на основании Постановления Правления НБКР №17/1 от 03.05.1996г.
Постановлением Правительства Кыргызской Республики №542 от 06.09.2001г., передано в ведение Министерства финансов КР.
В связи с реформированием системы и органов государственного управления, в целях оптимизации деятельности государственных органов, не входящих в систему исполнительной власти, указом Президента КР №426 от 26.10.2009г., Агентство передано в ведение Национального банка КР.
В целях повышения эффективности осуществления процесса специального администрирования обанкротившихся коммерческих банков, Указом Президента Кыргызской Республики №255 от 12.10.2011г.. Агентство было выведено в самостоятельный государственный орган.
Указом Президента Кыргызской Республики от 18 апреля 2018 года УП № 79 Агентство по реорганизации банков и реструктуризации долгов переименовано в Агентство по ликвидации банков.
Основной задачей Агентства является осуществление функций ликвидации коммерческих банков и иных финансово-кредитных учреждений, переданных в ведение Агентства.
С момента образования Агентства в его ведение были переданы 12 коммерческих банков, признанных в установленном порядке неплатежеспособными (банкротами): Кыргызагропромбанк, Меркюри, Инсан, Курулуш, Бишкек, Акылинвест, Адилбанк, Дыйканбанк, Кыргызжер, АзияУниверсалБанк, Инвестбанк Исык-Куль и Манас Банк.
В результате проведенной работы реабилитированы ИАКБ «Акыл», АКБ «Инсан», АК «Кыргыздыйканбанк». Процедура ликвидации полностью завершена в АКБ «Кыргызжер» в 2006г., в 2016 г. АКБ «Адил», АГБ «Бишкек» и АКБ «Курулуш-Банк», АКБ «Меркюри».